1990 tritt Fritz Güntzler in die Junge Union ein. Er engagiert sich früh neben seinem Studium im Stadtverband der Jungen Union Göttingen, dessen Vorsitzender er zwischen 1992 und 1995 war. 1995 wird Fritz Güntzler zum Vorsitzenden des Bezirksverbandes Südniedersachsen-Hildesheim der Jungen Union gewählt. Das Amt des Bezirksvorsitzenden hatte er bis zum Jahr 2000 inne. 
 

Im Jahr 1989 wird Fritz Güntzler Mitglied der CDU. Seit 1996 ist er Mitglied des Landesvorstandes der CDU in Niedersachsen. Von 1999 bis 2005 ist er Vorsitzender des CDU-Stadtverbandes Göttingen sowie zur gleichen Zeit Schatzmeister des CDU-Kreisverbandes Göttingen. Im November 2009 wurde Fritz Güntzler zum Kreisvorsitzenden gewählt. 
 

Die Interessen der Göttinger Bürger vertritt Fritz Güntzler seit 2001 als Ratsherr der Stadt Göttingen. Gleichzeitig ist er Vorsitzender der Göttinger CDU-Ratsfraktion. In Nikolausberg ist er seit 2001 beratendes Mitglied des Ortsrates. Für seinen Wahlkreis engagierte er sich als Mitglied des Niedersächsischen Landtages bereits in der 15. Wahlperiode von Januar 2003 bis Februar 2008.  Seinerzeit im Ausschuss für Recht und Verfassung sowie im Ausschuss für Wissenschaft und Kultur. Im Juli 2010 zog er erneut in den Landtag ein. Fritz Güntzler wird in der 16. Legislaturperiode als Mitglied im Ausschuss für Inneres und Sport und als Innenpolitscher Sprecher der CDU-Landtagsfraktion die Universitätsstadt Göttingen im Niedersächsischen Landtag vertreten.